Faglig innhold

Dette kurset gir en 1-ukers intensiv introduksjon til datamodellering, analyse og rekonstruksjon av både små og genom-skala metabolske nettverk. Målet er å gi studentene kunnskap om siste nytt innen datamodelleringsverktøy og databaser, i tillegg til å gi studentene praktisk erfaring. Videre vil vi dekke den matematiske basisen for optimiseringsbasert analyse av genom-skala metabolske modeller og gi et fundament for stabilitets og kontrollanalyse av dynamiske modeller. Første del av kurset (2.5 dater) vil dekke emnene: organisering av metabolske nettverk, deres rekonstruksjon og den matematiske basisen for optimiseringsmetoder i metabolsk analyse. Vi benytter COBRA verktøykassen i Matlab og/eller COBRApy for python. Vi vil også diskutere tilgjengelige metoder for data integrasjon. Andre del av kurset (2.5 dager) vil dekke emnene: rekonstruksjon og analyse av små, mekanistiske modeller av metabolske spor som muliggjør modellering av dynamiske egenskaper i systemet. I denne sammenheng vil vi gi en introduksjon til stabilitets- og kontrollanalyse.

Læringsutbytte

– Forklare struktur og organisering av metabolske modeller – Kunnskap om relevante databaser – Evne til å rekonstruere metabolske modeller – Forklare basal prinsippene i metabolsk optimiseringsmetodikk – Forklare stabilitets og kontrollanalyse – Ferdigheter i å benytte COBRA verktøykassen i matlab for genomskala modellering – Forklare begrensninger i liten og genom-skala metabolsk analyse – Kunnskap om verktøy for dataintegrering

Læringsformer og aktiviteter

Forelesninger, presentasjon og praktiske data øvinger. Emnet undervises på engelsk og som et intensivt fag i løpet av 1 uke i semesteret.

Obligatoriske aktiviteter

• Øvinger

Mer om vurdering

Prosjektrapport (10 sider) som vil bli evaluert til bestått / ikke-bestått.

Spesielle vilkår

Anbefalte forkunnskaper

Det anbefales forkunnskaper i bioinformatikk, og matematikk som inneholder linear algebra og differensial ligninger.

Kursmateriell

Kursmateriell blir annonsert til registrerte deltakere i forkant av kurs oppstart.