Oppdrag Mjøsa er et forskningsprogram med mål om å legge til rette for verdiskaping gjennom bærekraftig bruk av Mjøsas ressurser og økosystemtjenester og samtidig opprettholde økosystemets struktur, virkemåte, produktivitet, samfunnskritisk infrastruktur og naturmangfold.

Oppdrag Mjøsa skal derfor være et verktøy for både å tilrettelegge for verdiskaping, vannkvalitet og matsikkerhet, og for å opprettholde miljøverdiene i Mjøsa. 

En klar målsetting er å være en pilot for en større nasjonal innsats for en bedre kunnskapsstyrt forvaltning av ferskvannsressurser, både i Norge og globalt.