Da NTNU ble opprettet i 1996 ble virksomheten organisert i 11 fakulteter med Vitenskapsmuseet og Program for Lærerutdanning (PLU) på samme organisasjonsnivå. I august 2000 vedtok Kollegiet å starte et prosjekt med formål å vurdere fakultetsstrukturen ved NTNU. Bakgrunnen var press fra departementet, samt at man så et behov for å tilpasse NTNU de utfordringer man så komme i fremtiden med økende konkurranse fra andre norske og utenlandske universitet og private institusjoner. NTNU-ledelsen ønsket å ruste opp fakultetene ledelsesmessig slik at de kunne opptre med større tyngde overfor omverdenen. Ønske om å effektivisere administrasjonen veide også tungt.

Prosessen foregikk ikke uten turbulens. NTNU-ledelsen så det som viktig å vedta endringene i organisasjonen før neste rektorperiode begynte, siden de mente saken ville bli for tung for et nytt rektorat. I Gløshaugen-miljøet, som ble mest rammet av omstruktureringen, mente mange at universitetsledelsen hastet frem, og at en omstrukturering ikke var nødvendig på dette tidspunktet. I et åpent brev til ledelsen ba 137 professorer om at saken skulle utsettes i et år for å få gjennomført en fullstendig utredning. De store fagforeningene ved NTNU ønsket det samme. Mange fryktet at sivilingeniørutdanningens kvalitet og renommé ville komme til skade.

For Kollegiet veide imidlertid argumentet om å få saken raskt igjennom tyngst, og omstruktureringen ble vedtatt den 26. september 2001. Antall fakultet ble redusert fra elleve til syv, PLU ble innlemmet i Fakultet for samfunnsvitenskap og teknologiledelse (SVT) og Vitenskapsmuseets fikk en ny organisasjonsform. Museet beholdt et eget styre, men museets to institutter (arkeologi/kulturhistorie og naturhistorie) ble fordelt mellom Det humanistiske fakultet (HF) og Fakultet for naturvitenskap og teknologi (NT).

De øvrige fakultetene ble: Det medisinske fakultet (DMF), Fakultet for arkitektur og billedkunst (AB), Fakultet for informasjonsteknologi, matematikk og elektroteknikk (IME), Fakultet for ingeniørvitenskap og teknologi (IVT)