GC-MS betyr gasskromatografi med massespektrometer som detektor. Massespektrometeret er masseselektivt og kan bestemme stoffer ut i fra deres molekylmasser. Den kan måle molekylmasser fra under 100 m/z og helt opp til 700 m/z.
GC-MS benyttes til å måle flyktige og lette forbindelser. Molekyler som har lav molar vekt kan være vanskelige å detektere ved LC-MS (væske-kromatografi massespektrofotometer). Dermed benyttes ofte GC-MS i stedet ved slike tilfeller. Ved analyse av upolare stoffer er GC-MS godt egnet, mens ved analyse av polare stoffer er LCMS godt egnet.
Prinsippet ved GC-MS er at stoffer som skal separeres fordeler seg mellom to faser; en mobilfase og en stasjonærfase. Den mobile fasen, bæregassen, beveger seg og den stasjonære fasen står stille og dekker innsiden av kolonnen. Forbindelser som skal benyttes som stasjonærfase i gasskromatografi må gi god separasjon, være termisk stabile og ikke reagere irreversibelt med prøven. Bæregassen er en inert gass, ofte helium, nitrogen eller hydrogen. Egenskapen til bæregassene er at de bærer stoffene gjennom kolonnen. GC- apparatet har en injeksjonsport under injeksjonstårnet hvor prøven sprøytes inn. Stoffene i prøvematerialet fordeler seg ulikt mellom mobilfasen og stasjonærfasen, avhengig av deres interaksjoner med stasjonærfasen. Dette gjør at de beveger seg med ulik hastighet gjennom kolonnen. De separerte flyktige komponentene blir fordelt etter størrelse og elektrisk ladning.
For å detektere stoffer på GC-MS må de over på ioneform, det vil si at stoffene må ha positiv eller negativ ladning. Dette skjer i ionekilden. Ionekilden er plassert i analysekammeret som har vakuum. Stoffene blir bombardert av elektroner i ionekilden, hvor stoffene blir slått i stykker slik at de får positiv ladning. Hver enkelt forbindelse blir ødelagt på en særegen måte slik at det dannes et "fingeravtrykk" eller fragmenteringsmønster av det bestemte stoffet. Fra ionekilden til detektoren blir ionene dratt videre til detektoren vha. elektriske krefter og vakuum. Her vil ionene passere kvadrupolanalysatoren som siler ut uønskede fragmenter og fokuserer ønskede fragmenter i detektoren. Mengden ioner som dras gjennom systemet blir registrert av detektoren og er proporsjonal med mengde stoff i prøven. 
Figur 1: Eksempel på et massespektrometer som består av en ionekilde, kvadrupolanalysator og detektor.
Figur 2: GC-MS instrument, der Gasskromatoren er koblet til massespektrometeret og en PC.
Detektoren i massespektrometeret registrerer de separerte stoffene og sender signaler til datamaskinen som behandler dataene og skriver ut et kromatogram. Stoffer som blir analysert i instrumentet kan f.eks. være cannabis, paracetamol, fettsyrer, alkoholer osv. 
Figur 3: Eksempel på et gasskromatogram
Referanser:
Litteratur:
- Tyge Greibrokk, Elsa Lundanes & Knut E. Rasmussen, 1998, Kromatografi, Universitetsforlaget, Oslo
Kurshefte:
- GC-MS, avd. for klinisk farmakologi ved St. Olavs Hospital
Nettsider:
- http://www.scientific.org/tutorials/articles/gcms.html
- Bildene er tatt i praksisperioden på St. Olavs Hospital
- Egne erfaringer i praksisperioden på St. Olavs Hospital