Beer-Lamberts Lov sier at fluorescensintensiteten er direkte proporsjonal med konsentrasjonen til flouroforen og eksitasjonsintensiteten, men dette forholdet er kun proporsjonalt i fortynnede løsninger hvor absorbansen er mindre enn 2 % av den eksiterende strålingen. Over 2 % blir fluorescensintensiteten ikke lineær lenger. Dette kalles indre filtereffekt.
Fluorescensmålinger er mottakelige for indre filtereffekt. Disse effektene inkluderer overdreven absorbsjon av eksitasjonsstrålinger (før filtereffekt) og selvabsorbsjon av atomresonansfluorescens (etter filtereffekt).
Den indre filtereffekten er forårsaket av et tap av intensitet langs kuvetta, siden flouroforen absorberer eksitasjonslyset. Når fluoroforen får høyere konsentrasjoner, øker absorbansen av den eksiterende bølgelengden og man får et tap av eksitasjonslys i det den går gjennom kuvetta.
Ved å bruke fortynnede løsninger som absorberer mindre enn 2 % av det eksiterende lyset minimaliserer man den indre filtereffekten.
Det er flere aspekter å vurdere med indre filtereffekter, dette inkluderer reabsorpsjon. Reabsorbsjon skjer fordi et annet molekyl eller deler av et makromolekyl absorberer ved bølgelengden der fluoroforen emitterer stråling. Hvis dette forekommer, vil noen (eller alle) fotoner som er emitert av fluoroforen kanskje bli absorbert igjen. Et annet aspekt av indre filtereffekt kan skje på grunn av høye konsentrasjoner av absorberende molekyler (inkludert fluoroforen). Resultatet er at intensiteten av eksitasjonens lys ikke er konstant gjennom løsningen. Dette resulterer i at bare en liten prosentandel av eksitasjonslyset når fluoroforen som er synlig for deteksjonssystemet. Indre filtereffekt endrer spektrumet og intensiteten av emisjonslys og må derfor bli vurdert ved analysering av emisjonsspekteret til fluoroscenslys. 
Figur 1: viser hvordan indre filtereffekt oppstår i en kuvette som inneholder et stoff med høy konsentrasjon, ved fluorescenseanalyser.
Referanser:
Tietz. 5’th edition. side 76 + 85.
URL1: http://en.wikipedia.org/wiki/Fluorescence_spectroscopy
URL 2: http://www.tadjhizyaran.org/Default.aspx?tabid=101&articleType=ArticleView&articleId=21