Agarosegel er en gel som brukes innen biokjemien, molekylærbiologi og rettsmedisin. Denne gelen brukes innen Agarosegel Elektroforese (AGE), som er en metode for separasjon av molekyler som; DNA, RNA, serum, urin, spinalvæske, proteiner og lipoproteiner for å nevne noen.
Agarosegel er en nøytral gel som utvinnes ved å separere agarose fra agaropectin. Agropectin er ladet, og er dannet av sulfatsyre og karboksyliske sidegrupper.
Struktur
Polymerkjedene til agarose danner fibre som er tvunnet til en skrueformet 3D-struktur. Disse fibrene kan ha en radius på 20-30 nm. Fibrene danner til sammen mange porer i forskjellig størresle der hydrogenbindinger, noe som gjør at agarose gel kan gå tilbake til flytende form ved høye temperaturer. Porene som blir dannet kan ha en størrelse på 100-500 nm, avhengig av konsentrasjon. Dermed kan molekyler passere gjennom uhindret, samtidig som den også er fri for ioniserende grupper og viser liten endosmose. 
Figur 1: Nærbilde av agarose gel
Bruk av agarose gel
Noen fordeler ved bruk av agarosegel er den lave affiniteten til molekylene, og dens klarhet etter å ha tørket, dette er blant annet bra ved densitometrisk undersøkelse.
Separasjon er derfor bare basert på ladning-til-masse forholdet til molekylet, dvs. at størrelsen på molekylet avgjør hvor langt det diffunderer i gelen.
Men også ladningsegenskapene har noe å si, da molekylene vandrer når gelen blir koblet til strøm.
De fleste rutinemessige prosedyrene for AGE er utført på kommersielt produserte, ferdigpakkede microzone gels. Prøven blir applisert med et tynt plastikktemplat med små hull ved manuelle metoder, eller med en kamapplikator ved automatiserte systemer. Templatet blir plassert på agarosegelens overflate, og 5-7 µl blir plassert i hvert hull for så å diffundere inn i gelen i løpet av 5 minutter. De fleste AGE separasjoner ved bruk av serumanalyse krever en elektroforesetid på 20-30 minutter. Resultat ved AGE vil variere etter instilt tempratur og tid, jo lengre tid jo lengre vandring, ellers vil molekylets størrelse også ha innvirkning på separasjonen.
Det er gjort en rekke tester på elektroforesetiden og funnet ut at den beste tiden er eksakt 22 minutter.
Grunnen til en elektroforesetid på 22 minutter er at dersom den står lengre vil molekylene vandre for langt, og det blir vanskelig å skille de. Ved en elektroforesetid på under 22 minutter vil molekylene bli liggende for tett sammen og blir også her vanskeligere å skille.
Figur 2: Agarose gel under UV-lys.
Referanser
- Burtis C.A, Ashwood E.R og Bruns D.E, TIETZ Fundamentals of Clinical Chemistry 6th edition, Sunders Elsevier, 2008, s.104-105.
- http://en.wikipedia.org/wiki/Agarose