JavaFX har støtte for egne såkalte GUI-definisjonsfiler av typen FXML, som er XML-filer som beskriver innholdet i et GUI. Den hierarkiske strukturen av XML-elementer (tags) tilsvarer den hierarkiske strukturen av GUI-objekter, bestående av vinduer, paneler og enklere interaktive elementer som lister, tekstfelt og knapper.