Eclipse hjelper deg å finne feil i koden din. Det kan være så trivielt som at du mangler et semikolon, eller mer kompliserte feil som har med klasser og metoder å gjøre. Dette er en av hovedgrunnene til at vi bruker Eclipse! Man oppdager og får mulighet til å rette feil før man kjører programmet.
Eclipse har også god støtte for å finne feil i kjørende programmer - såkalt debugging. Denne er svært kraftig, og hvis man bruker den rett sparer man mye tid når man sliter med å forstå hvorfor et program ikke fungerer slik det skal.