Faglig innhold

I dette kurset vil det bli gitt en introduksjon til grunnleggende begreper og metoder innen genomikk, med hovedfokus på høykapasitets sekvenseringsteknologi (NGS). NGS er en revolusjonerende teknologi som gir forskere innen biologi og medisin muligheten til å analysere store mengder DNA og RNA sekvenser. Teknologien er et viktig forskningsverktøy innen mange aspekter av biologi og medisin, og blir benyttet på mange forskjellige måter. Tema som blir omtalt og tatt opp i laboratorieøvinger er prøvehåndtering, sekvenseringsteknologien, og relevante metoder/protokoller for DNA/RNA sekvensering. Kurset omtaler grunnleggende bioinformatikk i forbindelse med eksperimentell design, dataformat, kvalitetskontroll, preprosessering og analyse, inkludert praktiske øvelser.

Læringsutbytte

Kunnskap

Etter fullført og bestått emne skal kandidaten...

• være i kunnskapsfronten innenfor høykapasitets sekvensering (NGS).
• beherske fagområdets molekylære og bioinformatiske prinsipper, problemstillinger og metoder.
• kunne vurdere hensiktsmessigheten og anvendelsen av ulike NGS metoder (RNA og DNA sekvensering) og prosesser i forskning og faglige utviklingsprosjekter.
• kunne oppdatere sin kunnskap innenfor fagområdet.
• kunne anvende kunnskap på nye områder innenfor fagområdet.
• kjenne til de vanligste dataformatene og bioinformatiske metodene for behandling av datasett generert fra NGS.

Ferdigheter

Etter fullført og bestått emne skal kandidaten...

• kunne formulere problemstillinger for, planlegge og gjennomføre forskning og faglig utviklingsarbeid hvor NGS blir benyttet.
• Kunne håndtere komplekse faglige spørsmål relatert til bruk av NGS innen forskjellige fagområder.
• være i stand til å samarbeide med bioinformatikere om analyse av konkrete datasett fra NGS studier.
• være i stand til å kritisk vurdere resultatene fra et gjennomført NGS prosjekt.

Generell kompetanse

Etter fullført og bestått emne skal kandidaten...

• kunne identifisere relevante etiske problemstillinger knyttet til NGS teknologi og bruk i forskning.
• Kunne utøve NGS relatert forskning med faglig integritet.
• kunne formidle NGS relatert forsknings- og utviklingsarbeid gjennom anerkjente nasjonale og internasjonale kanaler.

Læringsformer og aktiviteter

Ledet selvstudium, forelesninger, laboratorieforelesninger, laboratorieøvinger, bioinformatikk øvinger, semesteroppgave og eksamen.

Hvis det er mindre enn 5 studenter meldt opp, kan læringsformer og aktiviteter endres, og det vil bli vurdert om emnet kan gjennomføres.

Obligatoriske aktiviteter

• Alle forelesninger og øvinger
• Semesteroppgave

Anbefalte forkunnskaper

Grunnleggende kunnskaper i molekylærbiologi, molekylær cellebiologi og data-analyse tilsvarende MOL4010, BI1001, BI1005, BI2012, BI2014, BI3016, MA0301, ST1201, ST1101, IT1103, IT1105 (TDT4120), TDT4145, TKJ4175, BT8102.

Forkunnskapskrav

Utdanning tilsvarende masternivå, medisinstudenter opptatt på Forskerlinjen, andre med redusert kompetanse etter individuell vurdering