Den arkeologiske samlinga femnar jordfunn og funn frå sjø og og hav av menneskeskapte objekt frå steinalder til nyare tid. Samlinga veks monaleg for kvart år og er utgangspunkt for omfattande forskingsverksemd.  Samlinga er bygd opp gjennom systematisk innsamling av arkeologisk materiale frå Møre og Romsdal, Trøndelag og Nordland frå midten av 1800-talet. Samlinga inneheld unikt kjeldemateriale som mellom anna set lys på den tidlegaste busettinga av Noreg i eldre steinalder, utviklinga av jordbrukssamfunnet frå yngre steinalder til mellomalder, bergkunst, utvikling av religion og dødsritual i førhistorisk tid og mellomalder, samisk kultur og levesett, samt den urbane utviklinga av Nidaros i mellomalderen. Samlinga har i dag tilvekst både frå arkeologiske undersøkingar og private finnarar.  

I 2018 starta NTNU Vitskapsmuseet prosjektet NIDARK med mål om å revitalisere den byarkeologiske samlinga og å gjere den tilgjengeleg digitalt. 

Kurator steinalder og bronsealder: Førsteamanuensis Birgitte Skar 

Kurator jarnalder, vikingtid og mellomalder: Førsteamanuensis Birgit Maixner

Kurator human- og animalosteologisk materiale: Førsteamanuensis Birgitte Skar